主要檢查案件來源有：
一、申訴案件：依勞動基準法第74條規定：「勞工發現事業單位違反本法及其他勞工法令規定時，得向雇主、主管機關或檢查機構申訴。」，經勞工申訴，主管機關或檢查機構派員就申訴事項實施檢查。
二、專案檢查：
(一)依據每年度勞動檢查方針，由中央主管機關指定專案檢查對象或本局自行規劃勞動條件專案檢查。
(二)配合其他單位實施之聯合稽查。